整个治疗过程可以分为4个步骤，分别为：
治疗准备和计划制定过程
测试治疗
真正治疗
治疗效果评价
治疗准备和计划阶段占时间较长大约需要30-40分钟时间，首先是治疗准备，需要保证病人建立静脉通路，膀胱和肠道准备等（这样做的目的是保证子宫在一个最适合治疗的位置，并将子宫前的肠道推开提供必要的超声通路），其次要进行磁共振扫描，根据图像保证病人适合进行治疗。同时医生根据病人的扫描图像，确定治疗区域，设定超声波规避区域，保证超声波通路上不存在有可能造成并发症的器官和组织（例如肠道、瘢痕和骨等）。请注意，在以后的治疗过程中，病人不可以移动，一旦移动就必须重新做治疗计划，使得整个治疗过程被延长，因此病人在治疗过程中如果有需要可以和医生及时沟通，但是千万不要移动。其次，在治疗过程中，病人的肠道是会蠕动的，因此如果治疗时间过长，可能由于肠道蠕动导致需要重新做治疗计划，导致整体治疗时间过长，这也是不进行过大肌瘤治疗的原因。
测试治疗，这一过程是根据治疗计划我们先使用较低的能量进行超声波聚焦点定位分析，由于人体组织成分因人而异，因此每个人的体内聚焦点和超声能量反应不同，这个时间较短，测试治疗后发现合适的聚焦方式和供给能量就可以将能量增加进行正式治疗。
正式治疗开始后，由于能量增加，病人有的会感觉局部加热的可能，其次有些病人对于热治疗比较敏感，因此有可能感觉局部疼痛。因此当病人发现有热和疼痛的时候请及时和操作医生沟通，如果疼痛比较激烈，请及时终止手术（病人手上有一个紧急停止按钮，可以随时停止手术），但是在此过程中请病人尽量配合不要移动，如果在可以忍受的范围内也请患者尽量忍受。
治疗效果监测，在每一次治疗结束后，需要进行磁共振扫描确定治疗效果，保证治疗区域的肿瘤细胞确实被杀死。
反复进行测试治疗、治疗过程和治疗评估，就可以将肌瘤逐步烧死，取得治疗效果，因此每个治疗点都需要经过这个过程，由多个治疗点合成就可以将整个肿瘤杀死，达到治疗效果。
