畸胎瘤的手术方式在现阶段最好的要数腹腔镜手术方式，但是它的技术要求是非常高的，如果在镜下剥除过程中畸胎瘤破裂，就有可能会发生腹膜种植和化学性腹膜炎。并且畸胎瘤手术多数情况下可以保留患侧的正常卵巢组织和对侧的卵巢，如果术前做彩超检查和术中探查未见异常的话，也可以不切除，对于绝经期女性所出现的畸胎瘤最好做患侧附件或子宫加双侧附件的切除。畸胎瘤的手术过程中一般都会完整的剥除病变的组织，因为畸胎瘤与正常组织建的界限比较清楚。传统手术目前用的比较少，主要是因为创伤比较大，并且恢复也比较慢，病人痛苦比较多，所以大部分的患者都选择做微创手术来进行切除。
做完畸胎瘤手术后还需要定期复查，因为畸胎瘤分为恶性和良性的，良性的在切除之后不会再次出现复发，但如果是恶性的话很容易复发并且也会出现全身性的癌细胞转移。
