临床上依据患者病情、有无生育要求可分为保守手术和根治手术，对于有生育要求的年轻患者，尤其是一侧输卵管已切除或病变者，可采用保守手术方案，如腹腔镜下输卵管开窗取胚术：在腹部取3个小创口（小的0.5cm，大的1-1.5cm）进入盆腔，电凝切开输卵管至管腔，将妊娠物取出再缝合，如创口小则不必缝合（不超过1cm）。对于无生育要求，或腹腔内大出血休克危及生命的急症患者，应立即行根治手术，即腹腔镜下患侧输卵管切除术，同时积极补液、输血纠正休克，进入盆腔后，提起输卵管伞端，超声刀依次离断输卵管系膜至子宫间质部（注意此处止血彻底），将患侧输卵管完整切除，可有效快速的止血。
对比于传统的经腹手术，腹腔镜手术有其独到的优势，如患者腹部创口小（可以不缝合，只需一个创口贴），术中出血量少且止血更彻底，手术时间、住院日更短，术后患者痛疼感明显减轻、恢复快等。值得注意的是，因保守术中难以彻底清除妊娠物，术后往往仍需佐以药物化疗。强调一点，宫外孕在腹腔内大出血危及生命安全时不能一味追求腹腔镜手术，以开腹探查手术为宜。
