引起少精症的病因很多，大致可分为五个方面：
1、特发性精子减少： 即不明原因的精子生成减少，目前尚无法明确其病因；
2、身体疾患：如生殖道感染为临床常见的少精症病因之一，青春期发生病毒性腮腺炎合并睾丸炎，使睾丸生精细胞受损。内分泌失调、维生素及微量元素缺乏、精索静脉曲张等也可抑制精子产生；
3、药物因素：免疫抑制剂如环磷酰胺、氨甲蝶吟、秋水仙碱等均可直接或间接影响精子生成，另外由于某些原因长期大量使用雄激素，由于负反馈作用使下丘脑促性腺激素释放激素减少而导致促性腺激素分泌降低，导致精子减少或缺乏；
4、环境因素：随着社会工业化的进展，大气环境中的有害物质、食品中的某些添加剂、农药残留、激素残留，放射线、高温环境等都可能对生精上皮造成损害，使精子细胞分裂迟滞或停止，甚或造成不可逆性破坏；
5、不良生活习惯：某些不良的生活习惯如酗酒、吸烟、吸食毒品、长时间泡热水澡、桑拿浴均可抑制精子产生。但临床上尚有很多病人无法找到明确病因。
因精子密度会在一定范围内波动，因此确定少精症至少得对精液检查2次以上，且应该检查前3~7天不射精，这样才能正确反映精液的质量。对于少精症患者需要仔细询问病史，进行详细的体格检查，以及必要的实验室检查是找到病因的重要手段。
排除或明确患者是否存在影响精子生成的疾患如精索静脉曲张、生殖泌尿系慢性炎症、隐睾、内分泌失调、维生素及微量元素缺乏、病原微生物感染、药物影响，从而为临床治疗提供依据和方向。
