第一：遗传因素。染色体异常原因常见，包括夫妻双方染色体异常。半数自然流产的胎儿染色体异常。
第二：内分泌因素。黄体功能不全为常见原因。黄体功能不全表现为产生孕激素不足或黄体持续时间不足。糖尿病、多囊卵巢综合症及子宫内膜异位症病人因内分泌紊乱，流产率高。
第三：解剖因素。宫腔异常，宫颈机能不全均会导致流产。宫腔异常包括子宫畸形、宫腔粘连和粘膜下肌瘤、息肉等。
第四：免疫因素。怀孕需要母婴免疫相容，正常妊娠是成功的半同种移植。封闭抗体的缺乏及自身抗体(如抗心磷脂抗体、狼疮抗凝因子、抗精子抗体等)的出现均会导致流产。
第五：自身疾病。多种微生物感染，免疫系统疾病等。
第六：环境因素。电离辐射、不良生活习惯、有毒物质的接触等。
第七：原因不明。现有医疗水平不能查出原因。
