功能性卵巢囊肿，多数都无明显症状和体征，仅在盆腔检查时发现。这类囊肿通常对人体是无害的，一般无需治疗即可自行消失，只需定期复查。如囊肿较大（≥8cm），出现尿频、腹痛、月经周期不规律等症状，可采用热疗和止痛药物进行家庭治疗，一般症状可缓解。如囊肿发生扭转、破裂，紧急腹腔镜下卵巢囊肿剥离术，术中应完整剥离囊壁，尽可能减少对卵巢组织损害；对于年老无生育要求者，行卵巢切除术。
巧克力囊肿，简称巧囊，这类囊肿对人体有害，患者常有经期疼痛，不孕。轻者使用止痛药物或避孕药治疗；疼痛严重或囊肿较大者可行腹腔镜下巧囊切除术。应该注意的是，对于希望生育者，应尽早促使其妊娠，一旦妊娠，异位内膜病灶坏死萎缩，分娩后症状缓解并有望治愈。
