1、异位种植学说：女性的经血当中含有子宫内膜组织，当发生经血逆流时，可将子宫内膜带至身体其他部位，如卵巢、盆腔等。子宫内膜组织细胞黏附于腹膜表面并侵入于腹膜，引起种植灶部位炎细胞聚集，病灶周围新生血管生成，内膜细胞增殖，而形成内异病灶。先天性阴道闭锁、宫颈狭窄等可阻碍经血排出，从而易导致经血逆流；剖宫产、人工流产、输卵管通液等多次宫腔手术操作易将子宫内膜带至其他部位直接种植。另外，子宫内膜也可通过淋巴及静脉系统向远处播散，从而发生异位种植。
2、体腔上皮化生学说：卵巢上皮与盆腔腹膜均是由体腔上皮所分化而来，当这些组织在受到卵巢激素、经血及慢性炎症持续地反复刺激时，可激活转变为子宫内膜样组织。
3、内分泌学说：子宫内膜异位症是一种青春期不发病的激素依赖性的疾病，围绝经期、双侧卵巢切除后内异灶可逐渐萎缩吸收。妊娠或运用性激素抑制卵巢功能可控制疾病进展。因此认为内异症的发生与发展与女性激素水平有关。
4、诱导学说：未分化的腹膜组织在某些内源性生物化学诱导下可形成子宫内膜样组织。
5、血管形成学说：内异症的病灶表面及周围组织存在大量新生血管，而大量的组织生长因子共同参与了新生血管的形成，因此认为血管内皮生长因子与内异症有关。
另外，遗传因素、免疫与炎症因素等也可能与子宫内膜异位症的发生有关。
