胆汁淤积的主要机制包括肝窦基侧膜和毛细胆管膜改变（影响膜的流动性，转运蛋白和酶活性变化，Na+K+ATP酶活力下降，胆汁流减少）、肝细胞骨架改变（微管系统和微丝网络损伤，胆汁分泌障碍，细胞旁间隙通透性增加）、胆汁分泌调节异常（胞内钙水平增加，胆汁排泄障碍）、紧密连接损伤（细胞旁通透性增加，胆汁返流入血液）、毛细胆管和肝内胆管的阻塞（囊性纤维化，胆汁流动不畅）等几个方面。
多种因素可以引起上述功能损伤，常见包括药物、脓毒症、肝炎、遗传性因素、感染、免疫等，而且不同的病因所引起的肝细胞、肝内各级胆管细胞的损害程度也不同，最终导致的临床表现类型也可以轻重不一。所以，各种原因引起胆汁的生成、分泌和排泄障碍时均可导致胆汁淤积。
