首先早期唐筛和中期唐筛所做的检查时间不同，早期唐筛是在孕11-14周之间进行，中期唐筛是在孕16-18周之间进行。其次两个时期所做唐筛的检查方式有一定的区别，早期唐筛是根据胎儿颈后透明度也就是NT筛查的B超检查结果以及对血清生化检查结果，来综合评估胎儿是否患有唐氏疾病的风险。孕中期唐氏筛查是比较常用的检查方法，主要是抽取母体血清，进行甲型胎儿蛋白、绒毛促性腺激素浓度、游离雌三醇和抑制素的检查。根据孕妇血清中这些标志物的升高或降低，并结合孕妇的预产期、年龄、体重和采血时的孕周等，来计算出唐氏儿的危险系数。在此早期唐筛和中期唐筛就结果准确度而言，中期唐筛的准确度比早期唐筛的准确度要高，孕早期唐氏筛查结果会受到多种因素的影响，比如彩超，医生的手法，胎儿的体位等都有很大的影响。中期做唐筛受到外界影响因素比较小，所以结果准确率比早期要高。
唐氏筛查只是对胎儿是否患有唐氏综合征的一项风险评估，并不是确诊的检查方式，在发现胎儿有高风险时还需要进一步的做羊水穿刺或无创DNA来确诊。
