1、遗传因素：在胎儿的亲属中有唇腭裂的患者，胎儿发生此病的概率会增加，具有一定的遗传性。
2、环境因素：在怀孕期间接触放射线以及环境污染，如农药、化肥、家庭装修等情况可能导致胎儿出现畸形。备孕期间尽量远离污染和辐射。
3、叶酸缺乏：怀孕后厌食导致的维生素缺乏也会引起胎儿发育不良，怀孕后注意饮食及时纠正叶酸缺乏的情况。
4、孕妇自身问题：孕妇怀孕后感冒，或是服用某些药物，以及长时间的生气等不良情绪都可能引起基因突变发生唇腭裂等畸形。怀孕后保持心情舒畅，感冒在医生指导下治疗。
在孕期当超声能够清晰的显示胎儿面部软组织时，才能对唇腭裂进行可靠的诊断。大部分是在20-26周大排畸超声检查时发现的。孕前补充叶酸，孕期定期产检是很有必要的，一定规范检查。
