导致胚胎停育的原因其实特别多，可能是胚胎本身质量异常引起，比如最常见的精子畸形，或者是卵泡质量不佳，都可能会出现胚胎停育。同时在有HPV病毒感染，或者是支原体、衣原体感染时，也会引起胚胎停育出现。对于有风疹病毒感染、巨细胞病毒感染，或者是疱疹病毒感染时，都可能导致胚胎停育出现。女性在出现胚胎停止发育以后，就需要考虑尽快终止妊娠，然后再次进行备孕怀孕。对于反复出现胚胎停止发育的女性，往往建议可以将死亡的胚胎送病检来看染色体是否有异常，而且再次备孕前还需要做全面的孕前检查，比如凝血、甲状腺功能、TORCH以及不孕不育抗体，还有就是HPV、支原体感染等检查。
对于凝血功能异常的女性，也可能会引起胚胎停育，所以这类女性在怀孕后，就可能需要考虑肌注肝素来进行保胎，以预防胚胎再次停育。
