1、胚胎因素：胚胎或胎儿染色体异常是早期流产最常见的原因，约占50%-60%，中期妊娠流产约占1/3，晚期妊娠胎儿丢失仅占5%。
2、母体因素：
（1）全身性疾病：孕妇患全身性疾病，如严重感染、高热疾病、严重贫血或心力衰竭、血栓性疾病、慢性消耗性疾病、慢性肝肾疾病或高血压等，均可能导致流产。
（2）生殖器异常：子宫畸形、子宫肌瘤、子宫腺肌病、宫腔粘连等，均可影响胚胎着床发育而导致流产。宫颈重度裂伤、宫颈部分或全部切除术后、宫颈内口松弛等所致的宫颈机能不全，可导致胎膜早破而发生晚期流产。
（3）内分泌异常：女性内分泌功能异常（如黄体功能不全、高催乳素血症、多囊卵巢综合征等），甲状腺功能减退，糖尿病血糖控制不良等，均可导致流产。
（4）强烈应激与不良习惯：妊娠期无论严重的躯体（如手术、直接撞击腹部、性交过频）或心理（过度紧张、焦虑、恐惧、忧伤等精神创伤）的不良刺激均可导致流产。孕妇过量吸烟、酗酒、过量饮咖啡、吸食毒品等，均可能导致流产。
（5）免疫功能异常：包括自身免疫功能异常和同种免疫功能异常。临床上可仅表现为自然流产、甚至复发性流产，也可同时存在有风湿免疫性疾病（如系统性红斑狼疮等）；少数发生在抗核抗体阳性、抗甲状腺抗体阳性的孕妇。
3、父亲因素：有研究证实精子的染色体异常可导致自然流产。但临床上精子畸形率异常增高是否与自然流产有关，尚无明确的证据。
4、环境因素：过多接触放射线和砷、铅、甲醛、苯等化学物质，可能引起流产。
