由于甲胎蛋白是由新生的幼稚肝细胞分泌的，而且泌的甲胎蛋白量很大，因此胎儿和妇女妊娠期间常出现甲胎蛋白偏高的现象（但测定值一般不会超过400μg/L），但是它是会在生产完毕后逐渐恢复正常的，这种情况一般不必担心。
但是孕妇甲胎蛋白偏高也可能是一些疾病引起的，如孕妇本身患有急慢性肝炎、肝硬化、肝癌等肝胆疾病及胚胎瘤时，或胎儿在宫腔内出现异常情况时（如脊柱裂、神经管缺损、无脑以及死亡、脐胎瘤等先天性的缺陷）也可导致孕妇血中的甲胎蛋白高出正常水平，特别是胎儿出现先天性开放性神经管畸形时，孕妇10～16周时血清甲胎蛋白含量就可比正常值高出10倍左右，这时候就应该及时进行诊治了。
甲胎蛋白偏高可能提示多种疾病，因此一旦检测出甲胎蛋白浓度高过正常水平时，应该及时就医进行进一步的诊断，结合病史、影像学检查等了解甲胎蛋白偏高的原因，及时治疗，减少甲胎蛋白带来的危害。
